Bogata sieć hydrologiczna sprzyja licznemu występowaniu płazów. Na terenie Parku stwierdzono 11 gatunków. Do godów najwcześniej przystępują żaby brunatne: żaba trawna i żaba moczarowa i ropucha szara. W tym okresie samiec żaby moczarowej przybiera niebieskawą barwę. Kolor, jak i wydawane przez samca dźwięki służą przywabianiu samic. W maju usłyszeć można godowe nawoływania kumaka nizinnego oraz żab zielonych: śmieszki, wodnej i jeziorkowej.
Gady reprezentowane są w Parku tylko przez cztery gatunki: zaskrońca, padalca, jaszczurkę zwinkę i jaszczurkę żyworodną. Zaskroniec, jako zwierzę doskonale czujące się w środowisku wodnym i świetnie pływające występuje tu dość licznie, natomiast dwa pozostałe gatunki są notowane znacznie rzadziej.
W Parku Narodowym „Ujście Warty” stwierdzono 39 gatunków ssaków. Spośród nich, 6 gatunków należy do rzędu owadożernych, 2 gatunki do rzędu nietoperzy (rząd wymaga dalszych badań na tym terenie), 1 gatunek do rzędu zajęczaków, 14 gatunków do rzędu gryzoni, 11 gatunków do rzędu drapieżnych oraz 5 gatunków do rzędu parzystokopytnych. Ze względu na charakter Parku wiele występujących tu ssaków wykazuje przystosowanie do ziemno-wodnego trybu życia.